Auf überschaubarem Raum gibt es in der Rhön zahlreiche naturnahe Ökosysteme, und zwar natürliche und vom Menschen geschaffene Lebensräume. Schließlich ist die Rhön
im wesentlichen eine Kulturlandschaft, und viele ihrer wertvollen Biotope sind erst durch Eingriffe des Menschen entstanden. Sie zu bewahren, ist eine Aufgabe von nationaler,
ja europäischer Bedeutung.

Charakteristisch für das Biosphärenreservat Rhön ist die Vielfalt der
Landschaftsformen und Biotope.

In Deutschland einzigartig sind die großflächigen Borstgrasrasen: völlig ungedüngte, nährstoff- und kalkfreie Standorte der Basaltgebiete. Arnika, Kreuzblümchen, Wald-Läusekraut und andere Pflanzen haben sich diesen Bedingungen optimal angepasst.
Auf den durch Rodungen im Mittelalter entstandenen Bergwiesen brüten seltene Vogelarten wie Birkhuhn, Wachtelkönig und Wiesenpiper.

Kalkmagerrasen

Die in der Rhön weit verbreiteten Kalkmagerrasen sind ebenfalls durch menschliche Eingriffe entstanden. Sie zeugen von früheren Nutzungsformen wie Hüteschäferei oder einmaliger Mahd ohne Düngung. Die Kalkmagerrasen kommen auf nährstoffarmen, flachgründigen Standorten mit geringem Wasserspeichervermögen vor. Sie bieten lichtbedürftigen, anspruchslosen Pflanzen, darunter vielen Orchideen, und ebenso zahllosen seltenen Insekten wichtigen Lebensraum.

Hochmoore

Die Rhöner Hochmoore gehören zu den seltensten und am meisten gefährdeten Lebensräumen. So ist das über 10.000 Jahre alte Schwarze Moor eines der letzten
fast unberührten Hochmoore in Mittelgebirgen und daher für Wissenschaft und
Forschung von unschätzbarem Wert.

Urwälder der Rhön

Perlen der Rhön sind die „urwüchsigen“ Laubwaldgebiete, von denen einige wegen ihrer bundes- und europaweiten Bedeutung in die sogenannten Kernzonen aufgenommen wurden. Hierzu gehören die arten- und strukturreichen Hang- und Blockschuttwälder
auf Basalt-Untergrund mit ihrer Vegetation aus Bergahorn, Bergulme, Spitzahorn und Sommerlinde. Die Wälder in Feuchtgebieten und an Bachläufen werden von Schwarzerle, Esche und Bruchweide geprägt.